în perioada 1922-1925, muzeul a funcţionat în clădirea Muzeului de Arte şi Meserii de pe strada G. Bariţiu nr. 5. în această clădire, în primăvara anului 1923, se deschide prima expoziţie etnografică românească din Cluj cu obiectele achiziţionate din Pădureni şi ţara Haţegului.
în perioada 1925-1935, muzeul funcţionează în clădirea din Piaţa Mihai Viteazul, în care, la 17 iunie 1928 se deschide oficial expoziţia permanentă, ea având următoarele sectoare tematice: cules din natură, vânătoare, pescuit, agricultură, creşterea animalelor, industria casnică textilă, cojocărit, ceramică, mobilier, elemente de construcţie, vase de bucătărie, port popular, cusături – ţesături, hărţi etnografice.
în perioadele 1935-1940 şi 1945-1957 muzeul a funcţionat în clădirea din Parcul public al oraşului, unde, la 17 iulie 1937 se deschide oficial, în prezenţa Regelui Carol al II-lea, expoziţia permanentă care cuprindea aceleaşi sectoare tematice ca şi aceea din 1928.
După Diktatul de la Viena (30 august 1940), muzeul se refugiază, împreună cu Universitatea, la Sibiu, unde funcţionează până la 13 iulie 1945. în anul 1957, Muzeului i se atribuie Palatul "Reduta" de pe strada Memorandumului, clădire în care funcţionează şi în prezent.
Clădirea, monument istoric, datează din secolul al XVI-lea, perioadă din care se păstrează doar subsolul. în secolul al XVIII-lea, clădirea a fost renovată, aici funcţionând cel mai important han al oraşului, "Calul Bălan". în secolul al XIX-lea, printr-o nouă renovare, i s-a conferit înfăţişarea actuală primind, totodată, denumirea de "Reduta". Tot în această perioadă, clădirea devine unul dintre cele mai importante edificii politice, administrative şi culturale din Transilvania. Sala mare de la primul etaj a fost martora unor importante evenimente culturale şi istorice, atât pentru Transilvania, cât şi pentru oraş: concerte, adunări publice şi recepţii. Aici au concertat mari muzicieni ai lumii: Franz Liszt, Bartok Bela sau George Enescu. Clădirea a fost, de asemenea, unul din locurile de întrunire ale Dietei Transilvaniei (Parlamentul provinciei).
în 1894 s-a desfăşurat, în palatul "Reduta", unul din cele mai mari procese politice ale secolului, reflectat de întreaga presă europeană: Procesul Memorandiştilor. în pledoaria rostită, în cadrul acestui proces, în calitate de acuzat, fruntaşul politic român dr. Ioan Raţiu a rostit memorabilele cuvinte: "Existenţa unui popor nu se discută, se afirmă!"
în anul 2001, expoziţia permanentă a fost închisă, Muzeul, intrând într-un amplu proces de restaurare, modernizare, reorganizare. Expoziţia permanentă a fost redeschisă în 21 decembrie 2006, sub o nouă înfăţişare prin aducerea ei la noile standarde ale muzeografiei contemporane.
Aspecte din fosta expoziţie permanentă:
