Instituţia are două secţii: cea pavilionară, găzduită în Palatul Reduta şi cea în aer liber (Parcul Etnografic Naţional „Romulus Vuia”), situată în tradiţionalul spaţiu de recreare clujean din pădurea Hoia.

Conservarea şi restaurarea patrimoniului imobil şi mobil din componenţa celor două secţii este asigurată de compartimentul Conservare-Restaurare, care include şi un Atelier de icoane, implicat în acţiuni de pedagogie muzeală şi de organizare a unor manifestări expoziţionale.